Майкл Эмерсон родился в 1955 году в штате Айова, США. Получив театральное образование в Iowa's Drake University в 1976 году, он переехал в Нью-Йорк. Не найдя работы по профессии, Эмерсон устроился внештатным иллюстратором. Женившись в 1986 году, он переехал во Флориду, где работал директором и учителем, а также участвовал в местных театральных постановках. В 1993 году Майкл Эмерсон решил продолжить театральное обучение и в том же году стал участником театрального фестиваля Shakespeare Festival, приводимого в штате Алабама. После окончания обучения, Эмерсон снова вернулся в Нью-Йорк, где принял участие в ежегодном показательном выступлении Alabama Shakespeare Festival. 1997 год стал годом прорыва для Майкла Эмерсона, он сыграл Оскара Уайльда в нашумевшей внебродвейской постановке Мойзеса Кауфмана «Gross Indecency: The Trials of Oscar Wilde». В 1998 году Майкл развелся, в дальнейшем женившись на актрисе Керри Престон. В последующие годы Эмерсон продолжил играть во внебродвейских постановках вместе с Умой Турман, Кевином Спейси и Кейт Бартон. В 2001 году Майкл Эмерсон получил Эмми за выдающееся исполнение роли серийного убийцы Уильяма Хинкса в телесериала канала ABC “The Practice”. Свою наиболее известную роль он сыграл в 2004 году в фильме «Пила». В 2006 году Майкл Эмерсон приступил к съемкам в телесериале канала AВC «Остаться в живых», где сыграл Бенджамина Лайнаса, эпизодического персонажа, которого в дальнейшем постановщики сериала решили сделать одним из основных действующих лиц.